Notes de frais et facture électronique 

À compter du 1er septembre 2026, la réforme de la facture électronique va profondément modifier les pratiques des entreprises françaises. Si l’on pense spontanément à la facturation clients-fournisseurs, un autre domaine est directement concerné : la gestion des notes de frais.



Pour bien comprendre les conséquences de cette évolution réglementaire, il est essentiel de distinguer deux notions clés : l’e-invoicing et l’e-reporting.

Notes de frais : de quoi parle-t-on exactement ?

Les notes de frais regroupent l’ensemble des dépenses professionnelles engagées par un salarié dans le cadre de son activité. Il s’agit principalement de :

• Frais de restauration ;
• Frais d’hébergement ;
• Titres de transport ;
• Indemnités kilométriques ;
• Frais de taxi ou de déplacement local.



Selon la manière dont la dépense est réglée et au nom de qui la facture est établie, les obligations liées à la réforme diffèrent.

E-invoicing et notes de frais : quel lien ?

L’e-invoicing correspond à l’obligation d’émettre et de recevoir des factures électroniques dans les échanges B2B domestiques (entre entreprises assujetties à la TVA en France).

Quand la facture est au nom de l’entreprise

Une facture entre dans le champ de l’e-invoicing lorsque :

• Le salarié règle avec la carte bancaire professionnelle et la facture est libellée au nom de l’entreprise ;
• L’entreprise règle directement le fournisseur (virement ou carte) ;
• Le salarié avance les frais mais demande au fournisseur d’établir la facture au nom de l’entreprise.

Dans ces cas, la facture devra :

• Être émise dans un format électronique normé (Factur-X, CII ou UBL) ;
• Transiter par une plateforme de dématérialisation agréée ;
• Comporter toutes les mentions obligatoires ;
• Être indiquée comme déjà réglée pour éviter tout double paiement.

Conséquence directe : les outils internes de gestion des notes de frais devront être capables de lire, intégrer et archiver ces formats électroniques.

E-reporting : l’autre volet à ne pas négliger

L’e-reporting concerne les opérations qui ne relèvent pas de l’e-invoicing, notamment :

• Les transactions avec des particuliers (B2C) ;
• Les fournisseurs étrangers ;
• Les entreprises non assujetties à la TVA en France.

Exemple courant

Un salarié paie un taxi avec ses fonds personnels et demande ensuite un remboursement. La facture est à son nom. Il n’y a pas de facture électronique transmise via la plateforme.

En revanche, l’entreprise devra transmettre à l’administration fiscale certaines données liées à cette dépense :

• Montant de l’opération ;
• Nature de la dépense ;
• TVA éventuelle.

Cela implique une extraction fiable des données issues de la note de frais afin de les intégrer dans le processus de déclaration électronique.

Les principaux changements pour les entreprises

La réforme entraîne plusieurs évolutions structurantes :

1) Distinguer les flux

Les entreprises devront être capables d’identifier automatiquement :

• Les factures relevant de l’e-invoicing ;
• Les dépenses relevant uniquement de l’e-reporting.

2) Éviter les doublons

Un risque majeur réside dans le double traitement d’une même dépense :

• La facture électronique reçue via la plateforme ;
• Le justificatif transmis par le salarié dans l’outil de notes de frais.

Sans contrôle automatisé, cela peut générer :

• Des erreurs comptables ;
• Des doubles remboursements ;
• Des incohérences déclaratives.

3) Sécuriser la conformité

Le non-respect des obligations peut entraîner des sanctions financières pouvant atteindre 15 € par facture manquante, dans la limite de 15 000 € par an.

Il devient donc indispensable d’automatiser les contrôles et de fiabiliser les circuits internes.

Les impacts pour les salariés

La réforme modifie également les habitudes des collaborateurs.

Fin du tout papier

Les tickets conservés dans une enveloppe ou les justificatifs transmis tardivement deviendront inadaptés dans un environnement 100 % dématérialisé.

Chaque justificatif devra être :

• Capturé rapidement (souvent via mobile) ;
• Correctement identifié ;
• Transmis de manière électronique.

Informations à connaître

Les salariés devront notamment disposer des informations d’identification de leur entreprise (comme le numéro SIREN) afin que les fournisseurs puissent établir correctement les factures.

Une réforme qui peut aussi être une opportunité

Si elle impose de nouvelles contraintes, la réforme peut aussi apporter des bénéfices concrets :

• Réduction des pertes de justificatifs ;
• Accélération des remboursements ;
• Meilleure traçabilité ;
• Vision en temps réel des dépenses ;
• Diminution des tâches de ressaisie.

À condition toutefois de s’équiper d’outils adaptés capables d’intégrer la facture électronique et les notes de frais dans un même environnement cohérent.

La réforme de la facture électronique ne concerne pas uniquement les services comptables. Elle transforme également la gestion des notes de frais.

La clé réside dans la distinction entre :

• Factures au nom de l’entreprise → e-invoicing obligatoire ;
• Dépenses au nom du salarié → e-reporting des données.

En anticipant ces évolutions et en adaptant leurs outils, les entreprises peuvent non seulement sécuriser leur conformité, mais aussi moderniser durablement leur gestion des dépenses professionnelles.

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